В настоящее время, для корректной работы данной опции, а так же опций описаных ниже, после создания накладной нужно выходить из Заказа покупателя / Отгрузки через кнопку Закрыть. При нажатии на кнопку Сохранить, данные записанные в доп. поле приложением затираются данными из открытого пользователем документа. В ближайшем будущем, после появления в API МоегоСклада инструмента для обновления данных в открытом документе в режиме реального времени, этот недостаток будет убран. Сейчас эта возможность находится в разработке.